Disarankan untuk menyimpan Melanotan-II pada suhu -20 derajat . Suhu rendah memperlambat laju reaksi kimia dan mengurangi kemungkinan reaksi dengan faktor lingkungan seperti oksigen dan kelembapan, sehingga mencegah degradasi, oksidasi, atau bentuk pembusukan lainnya.
Pastikan kemasan tertutup rapat selama penyimpanan untuk mencegah masuknya udara dan kelembapan. Hindari siklus pembekuan-pencairan berulang, karena hal ini dapat menyebabkan agregasi peptida, berkurangnya aktivitas, atau kerusakan struktural, yang semuanya mengurangi kemanjuran. Jika diperlukan beberapa kali penggunaan, bagilah produk menjadi porsi yang lebih kecil dan ambil satu porsi untuk setiap penggunaan.